Gene Sets & Pathway Enrichment

Functional Genomics Analyses

Corso intensivo sull'arricchimento funzionale dei dati di tecniche omiche (Functional Genomics, Pathways analysis)

Sabato 6 e Domenica 7 Giugno 2020

Descrizione

Corso di due giorni in versione weekend (6-7 ore/giorno). Fino ad un massimo di 20 partecipanti. Completo di preparazione propedeutica online, light lunch e materiale digitale.

Rivolto a ricercatori, biologi, tecnici e professionisti biomedici che attraverso metodi di genomica funzionale vogliono dare senso biologico alle liste di geni (o proteine) ottenute da analisi di tipo omico.

Prerequisiti e costo

Alcune nozioni di base di R aiutano a seguire al meglio questo corso: i) Conoscere i concetti base di R: vettore, lista e data.frame (strutture dati); ii) comando di assegnazione ad una variabile/oggetto; iii) saper installare nuovi pacchetti. NB: tutti questi argomenti verranno trattati nel materiale online durante la settimana precedente alla data di inizio corso, e verranno ripresi durante la prima mattina dei due giorni d’aula.

E’ comunque necessaria dimestichezza di utilizzo del computer ed essere dotati di computer portatile recente e aggiornato da portare in aula durante il corso.

Costo del corso: 380 euro (IVA inclusa)

Due giorni intensivi per imparare i principali metodi e strumenti per analizzare il contesto biologico delle genes/proteins signatures ottenute da esperimenti omici. Tratteremo sia dal punto di vista teorico sia pratico le tecniche di arricchimento delle ontologie (GO, gene ontology), Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), Pathway Impact analysis.

Cosa imparerai

  • Teoria dell’arricchimento: ORA (over representation analyses) e FCS (functional class scoring). Cenni di PT (pathway topology) e IMPACT analyses (cross-talk tra pathways).
  • Arricchimenti funzionali con GO: come estrarre informazioni biologicamente rilevanti da una lista di geni usando i database GO (Gene Ontology) di Molecular Function (MF), Biological Processes (BP) e Cellular Components (CC).
  • GSEA: gene set enrichment analysis per la contestualizzazione quantitativa (comprensiva dei valori e dei pesi dati dall’espressione genica dei singoli geni) delle genes signatures e per la genesi di nuove ipotesi di lavoro
  • Plotting: metodi avanzati di visualizzazione per la comunicazione dei risultati di analisi e per la produzione di publish-grade pictures
  • Overview di pacchetti R: carrellata (e utilizzo di alcuni) pacchetti R per l’analisi con i database GO, KEGG, Reactome e simili
  • Overview di strumenti web disponibili per l’arricchimento di ontologie

Dove
Euroclone Headquarters
via Figino 20/22 Pero, MI
(MM1 rossa, fermata Pero)

Lingua
Italiano (English if requested)

Pranzo
Il corso è comprensivo di catering per due light lunches e coffee breaks

Durata
12-14 ore
+ preparazione propedeutica online (max 5 ore durante settimana precedente)

Registrati
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