Gene Sets & Pathway Enrichment

Functional Genomics Analyses

Corso intensivo sull'arricchimento funzionale dei dati di tecniche omiche (Functional Genomics, Pathways analysis)

Formato del corso online.
Webinar introduttivo serale (1h) – generalmente il lunedì sera – seguita da una Settimana di autoriscaldamento.
Prima sessione online LIVE il sabato successivo al webinar (orario indicativo 10:00 – 17:30).
Seconda sessione online LIVE (ca 7h) il secondo sabato successivo al webinar (orario indicativo 10:00 – 17:30)..

Data mobile secondo richieste. Il corso viene attivato al raggiungimento del minimo di partecipanti (4) e la data viene concordata secondo le disponibilità dei partecipanti. Se sei interessato/a e vuoi partecipare manifesta il tuo interesse scrivendo a info@infobiology.com oppure segui il link di pagamento più sotto e procedi alla prenotazione (non avviene alcun pagamento fino alla conferma del corso!)

COSTO E REQUISITI

Non è richiesta alcuna conoscenza pregressa di R o di programmazione. Sono necessari una postazione computer aggiornata, una connessione internet stabile e l’accesso (gratuito) alla piattaforma di comunicazione Zoom.

Costo del corso: 290,00 euro (IVA inclusa)

Prerequisiti e costo

Tramite bonifico bancario:

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HAI BISOGNO DI INFORMAZIONI dal vivo?​

Prima di ogni corso attiviamo delle “ore di ricevimento” (call remote gestite da Whereby.com) in date e orari stabiliti in cui il docente è disponibile per parlare con voi e chiarire eventuali dubbi sul contenuto del corso. Per entrare nella call-room non dovete scaricare alcun software, vi basta cliccare su questo link durante la data/orario qui sotto, e verrete trasferiti nell’anticamera virtuale in attesa di essere ammessi (dovete permettere al browser di usare videocamera e microfono del vostro computer).

Il prossimo ricevimento sarà: MARTEDI’ 26 Maggio dalle 18:00 alle 19:00

Due sabati intensivi per imparare i principali metodi e strumenti per analizzare il contesto biologico delle genes/proteins signatures ottenute da esperimenti omici. Tratteremo sia dal punto di vista teorico sia pratico le tecniche di arricchimento delle ontologie (GO, gene ontology), Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), Pathway Impact analysis.

Cosa imparerai

  • Teoria dell’arricchimento: ORA (over representation analyses) e FCS (functional class scoring). Cenni di PT (pathway topology) e IMPACT analyses (cross-talk tra pathways).
  • Arricchimenti funzionali con GO: come estrarre informazioni biologicamente rilevanti da una lista di geni usando i database GO (Gene Ontology) di Molecular Function (MF), Biological Processes (BP) e Cellular Components (CC).
  • GSEA: gene set enrichment analysis per la contestualizzazione quantitativa (comprensiva dei valori e dei pesi dati dall’espressione genica dei singoli geni) delle genes signatures e per la genesi di nuove ipotesi di lavoro
  • Plotting: metodi avanzati di visualizzazione per la comunicazione dei risultati di analisi e per la produzione di publish-grade pictures
  • Overview di pacchetti R: carrellata (e utilizzo di alcuni) pacchetti R per l’analisi con i database GO, KEGG, Reactome e simili
  • Overview di strumenti web disponibili per l’arricchimento di ontologie

Dove
Online, da casa propria. Necessaria connessione internet stabile.

Lingua
Italiano (English if requested)

Durata
webinar introduttivo di 1 ora
+ preparazione autonoma online (max 4 ore durante settimana successiva al webinar)
+ corso intensivo di 12 ore suddivise su 2 sabati consecutivi

Un corso Revelo-Infobiology