Trascriptomics with RNA sequencing

RNAseq concepts & Analyses

Corso intensivo sui fondamenti delle procedure, strumenti e problematiche relativi all'analisi del trascrittoma mediante sequenziamento (RNA sequencing).

Sabato 9 e Domenica 10 Maggio, 2020

Descrizione

Corso di due giorni in versione weekend (6-7 ore/giorno). Fino ad un massimo di 20 partecipanti. Completo di preparazione propedeutica online, light lunch e materiale digitale.

Rivolto a ricercatori, biologi, tecnici e professionisti biomedici che vogliono avere una visione completa, pratica e aggiornata in tema di RNAseq.

Prerequisiti e costo

NON è strettamente richiesta conoscenza pregressa di linguaggi di programmazione.  E’ necessaria dimestichezza di utilizzo del computer e dotarsi di un computer portatile recente e aggiornato da portare in aula durante il corso. Verrà fatto uso di comandi di shell (Linux) molto elementari e riferimento a sistemi di calcolo remoto (Training Infrastructure as a Service, TIaaS) quali Galaxy. Inoltre una conoscenza di base di “R” se pur non strettamente necessaria può rendere più fruibile il corso.

Costo del corso: 420 euro (IVA inclusa)

Description

Il corso è un misto di teoria (descrizione e concetti strategici) ed esempi pratici di analisi di RNAseq. Dalla genesi dei dati grezzi alla preparazione dei dati per l’interrogazione biologica e di espressione differenziale.

Il corso mira a far acquisire una conoscenza dei diversi metodi disponibili e del loro utilizzo in funzione della domanda scientifica; conoscere la forma dei dati di RNAseq, il formato dei file e i principali modi di manipolarli e di controllarne la qualità; capire le metriche di espressione genica quantitativa; apprendere le problematiche relative all’infrastruttura informatica necessaria per eseguire l’analisi; avere una conoscenza dell’intero percorso analitico dal dato grezzo al dato interpretato.

  • Apprendere le basi teoriche del sequenziamento applicate all’RNA.
  • Conoscere le diverse pipelines di analisi e dei relativi software che le compongono.
  • Capire i formati di files e le metriche principali della gene expression.
  • Acquisire l’arsenale concettuale utile alla comprensione e all’interazione con bioinformatici.

Alla fine del corso verrà rilasciato ai partecipanti l’attestato di partecipazione, l’intero materiale didattico e una serie di consigli per come eventualmente proseguire in funzione delle proprie necessità (diventare autonomi nell’analisi o meglio interfacciarsi con i bioinformatici).

Details

Dove
Euroclone Headquarters
via Figino 20/22 Pero, MI
(MM1 rossa, fermata Pero)

Lingua
Italiano (English if requested)

Pranzo
Il corso è comprensivo di catering per due light lunches e coffee breaks

Durata
12-14 ore
+ preparazione propedeutica online (max 5 ore durante settimana precedente)

Registrati
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Un corso Revelo-Infobiology
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