FUNCTIONAL GENOMICS

Il CORSO PER RICERCATORI CHE VOGLIONO DARE SENSO AI PROPRI DATI

Corso altamente pratico di genomica funzionale per essere indipendente nell’analisi del contesto biologico a partire dai geni (o proteine) ottenuti dagli esperimenti di tecniche omiche.

Affronteremo le principali motivazioni dietro all’uso dei metodi di arricchimento, siano essi basati su ontologie (GO, gene ontology), o basati sul peso dei valori di espressione (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA). Utilizzo delle analisi di pathways e metriche di network.

OBIETTIVI
Renderti indipendente e confidente sulle scelte analitiche per una robusta e affidabile interpretazione dei dati di gene expression (liste di geni o proteine); fornirti le nozioni teoriche per scegliere il metodo analitico più adatto in funzione dei dati a disposizione e della domanda scientifica che ti poni.

PREREQUISITI
Questo corso non richiede una conoscenza approfondita di R, ma l’uso base dei pacchetti può essere utile. Avrai bisogno di un tuo computer portatile con almeno 8Gb di memoria RAM e un processore relativamente recente, nonché di un sistema operativo (Windows, MacOS o Linux) aggiornato.


COSA IMPARERAI

  • La teoria dell’arricchimento: over-representation / functional class scoring
  • La struttura, l’uso, i vantaggi e i rischi della GO
  • Usi non convenzionali della GO associati alle metriche di network
  • L’uso, i vantaggi e le applicazioni della GSEA
  • Utilizzo di metodi di arricchimento mediante software e mediante scripting R
  • Plottaggio dei risultati e visualizzazioni degli arricchimenti 
  • Pacchetti R per annotazioni e pathways
  • Analisi di impatto con il KEGG
  • Cenni sul corretto uso di Cytoscape e delle sue App

DOVE, COME E QUANDO

Il corso è distribuito su due giornate intere di insegnamento in aula, tipicamente nel fine settimana (venerdì+sabato o sabato+domenica) a Milano presso Bicowo, lo spazio coworking nel campus universitario di Bicocca.

Per la data esatta guarda il calendario

Tutti i partecipanti devono portare con se un proprio computer portatile funzionante, possibilmente recente e completo di caricatore (qualsiasi sistema operativo va bene).
In caso di particolari necessità il corso potrà essere seguito in modalità remota tramite piattaforma Zoom.

L’iscrizione al corso ti darà diritto ad accedere al canale Slack dedicato attraverso il quale potrai rimanere in contatto con gli altri studenti del corso (presenti, passati e futuri) e con i docenti.

COSTO

Il costo del corso è di:

599 euro – prezzo intero

449 euro – prezzo accademico

Tutti i prezzi sono comprensivi di IVA.
Per sconti e convenzioni attive trovi maggiori info qui.