Il corso per ricercatori che si occupano di espressione genica.
Corso teorico e pratico sui fondamenti del Next Generation Sequencing per la trascrittomica, (RNA sequencing). Procedure, strumenti e problematiche relativi all’analisi primaria del genoma/trascrittoma mediante sequenziamento in bulk. Pratica di analisi trascrittomica secondaria tramite pacchetti standard, DESeq2 o simili. Elaborazione, annotazione e presentazione dei dati. Introduzione agli oggetti «SummarisedExperiment» di Bioconductor (software open source per il linguaggio di programmazione R), utili per tutti i tipi di analisi trascrittomica (sia bulk che single cell).
Obiettivi
Renderti autonomo sull’analisi secondaria di dati di gene expression tramite NGS (bulk RNAseq), con particolare riferimento alla espressione differenziale. Fornirti tutti le nozioni teoriche e pratiche necessarie per interfacciarti con altri bioinformatici o specialisti.
Prerequisiti
Questo corso richiede una conoscenza base di R. Non richiede competenze pregresse di analisi dati di RNA sequencing.
Avrai bisogno inoltre di un tuo computer portatile con almeno 8Gb di memoria RAM e un processore relativamente recente, nonché di un sistema operativo (Windows, MacOS o Linux) aggiornato.
Modalità di svolgimento
Il corso è distribuito su due giornate intere di insegnamento in presenza, tipicamente nel fine settimana (sabato + domenica), presso strutture convenzionate a Milano (dettagli all’atto dell’iscrizione). Per la data precisa di questo corso vai alla pagina del calendario o contattaci a info@revelodatalabs.com per maggiori informazioni.. L’iscrizione al corso ti darà diritto ad accedere al canale Slack dedicato attraverso il quale potrai rimanere in contatto con gli altri studenti (presenti, passati e futuri) del corso e con i docenti.
Cosa imparerai:
- Teoria e strumenti per l’analisi primaria in RNAseq
- Formati di files specifici
- Interpretazione del controllo qualità con FastQC
- Analisi secondaria, normalizzazione, matrici di conte
- Espressione genica e espressione differenziale con DESeq2
- Plotting diagnostici e di analisi
- Annotazioni, estrazioni, reporting.
- Oggetti complessi Summarized Experiments
Costo
- 599 euro – prezzo intero
- 449 euro – prezzo accademico
Tutti i prezzi sono comprensivi di IVA. Per sconti e convenzioni trovi maggiori info qui.
Il corso comprende:
- 2 giornate di corso live con il docente
- Materiale didattico
- Accesso alla Revelo Slack community
Quando, dove, come
Il corso viene erogato durante il fine settimana nei giorni di sabato e domenica. Per la data esatta guarda il calendario
Il corso si svolgerà a Milano presso aule dedicate in zona Bicocca (zona piazza della Trivulziana, Milano). Indirizzo dettagliato verrà comunicato agli iscritti.
Tutti i partecipanti devono portare con se un proprio computer portatile funzionante, possibilmente recente e completo di caricatore (qualsiasi sistema operativo va bene). In condizioni di restrizioni imposte da eventi di forza maggiore il corso potrà essere svolto in modalità remota tramite piattaforma Zoom.
Iscrizioni
E’ possibile iscriversi immediatamente pagando con carta di credito/debito tramite sistema di pagamento Stripe. Ricorda che dovrai attivare un account Revelo per accedere ai materiali preparatori (se non hai un account registrati e creane uno). Nel caso non venisse raggiunto il numero minimo di iscrizioni il corso potrebbe essere posticipato o annullato (in questi casi gli iscritti possono attendere il raggiungimento del numero minimo di iscritti o richiedere il rimborso totale).
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