scRNAseq

Il CORSO PER CHI VUOLE ESSERE OPERATIVO CON IL SINGLE-CELL RNA SEQUENCING

Corso pratico per l’impostazione degli esperimenti e l’analisi dei risultati di single-cell RNA sequencing secondo le guidelines dei maggiori produttori (10x Genomics) e dei più diffusi protocolli di analisi dati.

OBIETTIVI
Sviluppare le conoscenze per portare avanti in autonomia una analisi di gene expression a livello di singola cellula a partire dagli output standard e mediante l’uso di alcuni pacchetti R.

PREREQUISITI
Questo corso non richiede una conoscenza approfondita di R, ma l’uso base dei pacchetti può essere utile. Possono essere utili, ma non strettamente necessarie, conoscenze dei metodi di NGS in bulk.
Avrai bisogno di un tuo computer portatile con almeno 8Gb di memoria RAM e un processore relativamente recente, nonché di un sistema operativo (Windows, MacOS o Linux) aggiornato.

COSA IMPARERAI

  • Disegno sperimentale
  • Requisiti di tipo infrastrutturale
  • Formati dei file e anatomia degli esperimenti con 10x Genomics
  • Output base e analisi con Loupe Browser
  • Utilizzo del pacchetto R Seurat
  • Controlli di qualità personalizzati dei dati prodotti
  • Codice per analisi personalizzate di espressione differenziale
  • Gene markers e combinazioni di marcatori

DOVE, COME E QUANDO

Il corso è distribuito su due giornate intere di insegnamento in aula, tipicamente nel fine settimana (venerdì+sabato o sabato+domenica) a Milano presso Bicowo, lo spazio coworking nel campus universitario di Bicocca.

Per la data esatta guarda il calendario

Tutti i partecipanti devono portare con se un proprio computer portatile funzionante, possibilmente recente e completo di caricatore (qualsiasi sistema operativo va bene).
In caso di particolari necessità il corso potrà essere seguito in modalità remota tramite piattaforma Zoom.

L’iscrizione al corso ti darà diritto ad accedere al canale Slack dedicato attraverso il quale potrai rimanere in contatto con gli altri studenti del corso (presenti, passati e futuri) e con i docenti.

COSTO

Il costo del corso è di:

599 euro – prezzo intero

449 euro – prezzo accademico

Tutti i prezzi sono comprensivi di IVA.
Per sconti e convenzioni attive trovi maggiori info qui.