Il corso per chi vuole essere operativo con il single-cell RNA sequencing.
Corso pratico per l’impostazione degli esperimenti e l’analisi dei risultati di single-cell RNA sequencing secondo le guidelines dei maggiori produttori (10x Genomics) e dei più diffusi protocolli di analisi dati.
Obiettivi
Sviluppare le conoscenze per portare avanti in autonomia una analisi di gene expression a livello di singola cellula a partire dagli output standard e mediante l’uso di alcuni pacchetti R.
Prerequisiti
Questo corso non richiede una conoscenza approfondita di R, ma l’uso base dei pacchetti può essere utile. Possono essere utili, ma non strettamente necessarie, conoscenze dei metodi di NGS in bulk.
Avrai bisogno di un tuo computer portatile con almeno 8Gb di memoria RAM e un processore relativamente recente, nonché di un sistema operativo (Windows, MacOS o Linux) aggiornato.
Modalità di svolgimento
Il corso è distribuito su due giornate intere di insegnamento in presenza, tipicamente nel fine settimana (sabato + domenica), presso strutture convenzionate a Milano (dettagli all’atto dell’iscrizione). Per la data precisa di questo corso vai alla pagina del calendario. L’iscrizione al corso ti darà diritto ad accedere al canale Slack dedicato attraverso il quale potrai rimanere in contatto con gli altri studenti (presenti, passati e futuri) del corso e con i docenti.
Cosa imparerai:
- Disegno sperimentale
- Requisiti di tipo infrastrutturale
- Formati dei file e anatomia degli esperimenti con 10x Genomics
- Output base e analisi con Loupe Browser
- Utilizzo del pacchetto R Seurat
- Controlli di qualità personalizzati dei dati prodotti
- Codice per analisi personalizzate di espressione differenziale
- Gene markers e combinazioni di marcatori
Costo
- 599 euro – prezzo intero
- 449 euro – prezzo accademico
Tutti i prezzi sono comprensivi di IVA. Per sconti e convenzioni trovi maggiori info qui.
Il corso comprende:
- 2 giornate di corso live con il docente
- Materiale didattico
- Accesso alla Revelo Slack community
Quando, dove, come
Il corso viene erogato durante il fine settimana nei giorni di sabato e domenica. Per la data esatta guarda il calendario
Il corso si svolgerà a Milano presso aule dedicate in zona Bicocca (zona piazza della Trivulziana, Milano). Indirizzo dettagliato verrà comunicato agli iscritti.
Tutti i partecipanti devono portare con se un proprio computer portatile funzionante, possibilmente recente e completo di caricatore (qualsiasi sistema operativo va bene). In condizioni di restrizioni imposte da eventi di forza maggiore il corso potrà essere svolto in modalità remota tramite piattaforma Zoom.
Iscrizioni
E’ possibile preiscriversi usando il tasto sottostante. Ricorda che dovrai attivare un account Revelo per accedere ai materiali preparatori (se non hai un account registrati e creane uno). Nel caso non venisse raggiunto il numero minimo di iscrizioni il corso potrebbe essere posticipato o annullato (in questi casi gli iscritti possono attendere il raggiungimento del numero minimo di iscritti o richiedere il rimborso totale).
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