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Fun Gen

Teoria e applicazioni delle analisi di genomica funzionale
Genomica Funzionale (Fun Gen)

Interpretare e dare un senso biologico ai risultati di un qualsiasi esperimento omico, sia esso genomico o proteomico. Durante il corso si affrontano le differenze tra analisi di over-rappresentazione (ORA) come ad esempio le analisi di ontologie e le analisi di functional class scoring (FCS) come la GSEA (gene set enrichment analysis).

Teoria
50%
Pratica
50%

Alla fine del corso gli studenti apprendono l’esistenza e l’uso di repositories e database specifici per la descrizione funzionale degli attori molecolari (GO, MsigDB, KEGG) e acquisiscono i concetti e i metodi per poter gestire in autonomia le ontologie geniche, l’arricchimento di genesets, il peso dell’espressione genica sugli arricchimenti, le metriche di network.

È questo un corso che richiede che i singoli studenti applichino le proprie conoscenze biologiche a strumenti di carattere computazionale al fine di elaborare un’interpretazione circostanziata dei risultati. Il corso erogato in “coding” prevede l’insegnamento di analisi ORA mediante pacchetti R/Bioconductor.

Prerequisiti

Questo è un corso “fondante”, per cui occorre avere una conoscenza pregressa della biologia molecolare omica (ad es. espressione differenziale) e, per il corso in modalità “coding” una conoscenza di base del linguaggio R.

Applicazioni

Scienze biologiche e mediche che facciano utilizzo di tecniche omiche, genomica, proteomica, metabolomica.

Modalità

Fun Gen è un corso “Bimodale“,  può essere erogato sia in modalità “no-code” che in modalità “coding” con l’uso di R.

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