Gene Sets & Pathway Enrichment

Functional Genomics Analyses (FunGenmx)

Corso intensivo sull'arricchimento funzionale dei dati di tecniche omiche (FunGenmx)

Formato del corso

Live online over-weekend online LIVE (12-14h totali) (2 giorni, orario indicativo 10:00 – 17:30).

Prossima edizione (date provvisorie da confermare): weekend completo 2-3 Ottobre 2021

COSTO E REQUISITI

Pur non essendo strettamente necessaria, una minima familiarità con l’ambiente R può aiutare. Sono necessari una postazione computer aggiornata, una connessione internet stabile e l’accesso (gratuito) alla piattaforma di comunicazione Zoom.

Costo del corso: 349,00 euro (IVA inclusa)

Prenotazione/acquisto

Clicca qui per avviare il processo di prenotazione: successivamente, e solo al raggiungimento del numero minimo di richieste, verrai contattato per concordare la data e con i dettagli per il pagamento (via bonifico bancario).

HAI BISOGNO DI INFORMAZIONI dal vivo?​

In ogni momento siamo disponibili “live” su appuntamento (call remote gestite da Whereby.com o Zoom) per parlare con voi e chiarire eventuali dubbi sul contenuto del corso. Scriveteci a training@revelodatalabs.com per concordare un appuntamento, vi risponderemo proponendovi alcune date tra cui scegliere. 

Imparare ad analizzare il contesto biologico delle genes/proteins signatures ottenute da esperimenti omici. Teoria e pratica delle tecniche di arricchimento delle ontologie (GO, gene ontology), Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), pathway analysis, network metrics e analoghe.

Cosa imparerai

  • Teoria dell’arricchimento: ORA (over representation analyses) e FCS (functional class scoring). Cenni di PT (pathway topology) e IMPACT analyses (cross-talk tra pathways).
  • Arricchimenti funzionali con GO: come estrarre informazioni biologicamente rilevanti da una lista di geni usando i database GO (Gene Ontology) di Molecular Function (MF), Biological Processes (BP) e Cellular Components (CC).
  • GSEA: gene set enrichment analysis per la contestualizzazione quantitativa (comprensiva dei valori e dei pesi dati dall’espressione genica dei singoli geni) delle genes signatures e per la genesi di nuove ipotesi di lavoro
  • Plotting: metodi avanzati di visualizzazione per la comunicazione dei risultati di analisi e per la produzione di publish-grade pictures
  • Overview di pacchetti R: carrellata (e utilizzo di alcuni) pacchetti R per l’analisi con i database GO, KEGG, Reactome e simili
  • Overview di Cytoscape e di strumenti web disponibili per l’arricchimento di ontologie

Dove
Online, da casa propria. Necessaria connessione internet stabile.

Lingua
Italiano (English if requested)

Durata
webinar introduttivo di 1 ora
+ preparazione autonoma online (max 4 ore durante settimana successiva al webinar)
+ corso intensivo di 12 ore suddivise su 2 sabati consecutivi

Un corso Revelo-Infobiology

Il corso è inserito nella “Masterclass Infobiology” ma può essere seguito singolarmente se vi sono posti disponibili