Gene Sets & Pathway Enrichment

Functional Genomics Analyses

Corso intensivo sull'arricchimento funzionale dei dati di tecniche omiche (Functional Genomics, Pathways analysis)

Formato del corso online.
Webinar introduttivo serale (1h) – generalmente il lunedì sera – seguita da una Settimana di autoriscaldamento.
Prima sessione online LIVE (ca 6h) il sabato successivo al webinar (orario indicativo 10:00 – 16:30).
Seconda sessione online LIVE (ca 6h) il secondo sabato successivo al webinar (orario indicativo 10:00 – 16:30)..

Data mobile secondo richieste: il corso viene attivato al raggiungimento del minimo di partecipanti (5) e la data viene concordata assieme ai partecipanti. Se sei interessato/a e vuoi partecipare manifesta il tuo interesse scrivendo a info@infobiology.com oppure segui il link di pagamento più sotto e procedi alla prenotazione (non avviene alcun pagamento fino alla conferma del corso!)

COSTO E REQUISITI

Non occorre saper programmare in R, ma una minima familiarità con l’ambiente R può aiutare (nella settimana di preriscaldamento si cercano di colmare eventuali gap). Sono necessari una postazione computer aggiornata, una connessione internet stabile e l’accesso (gratuito) alla piattaforma di comunicazione Zoom.

Costo del corso: 349,00 euro (IVA inclusa)

Prenotazione/acquisto

Clicca qui per avviare il processo di prenotazione: successivamente, e solo al raggiungimento del numero minimo di richieste, verrai contattato per concordare la data e con i dettagli per il pagamento (via bonifico bancario).

HAI BISOGNO DI INFORMAZIONI dal vivo?​

In ogni momento siamo disponibili “live” su appuntamento (call remote gestite da Whereby.com o Zoom) per parlare con voi e chiarire eventuali dubbi sul contenuto del corso. Scriveteci per concordare un appuntamento, vi risponderemo proponendovi alcune date tra cui scegliere. 

Due sabati intensivi per imparare i principali metodi e strumenti per analizzare il contesto biologico delle genes/proteins signatures ottenute da esperimenti omici. Tratteremo sia dal punto di vista teorico sia pratico le tecniche di arricchimento delle ontologie (GO, gene ontology), Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), Pathway Impact analysis.

Cosa imparerai

  • Teoria dell’arricchimento: ORA (over representation analyses) e FCS (functional class scoring). Cenni di PT (pathway topology) e IMPACT analyses (cross-talk tra pathways).
  • Arricchimenti funzionali con GO: come estrarre informazioni biologicamente rilevanti da una lista di geni usando i database GO (Gene Ontology) di Molecular Function (MF), Biological Processes (BP) e Cellular Components (CC).
  • GSEA: gene set enrichment analysis per la contestualizzazione quantitativa (comprensiva dei valori e dei pesi dati dall’espressione genica dei singoli geni) delle genes signatures e per la genesi di nuove ipotesi di lavoro
  • Plotting: metodi avanzati di visualizzazione per la comunicazione dei risultati di analisi e per la produzione di publish-grade pictures
  • Overview di pacchetti R: carrellata (e utilizzo di alcuni) pacchetti R per l’analisi con i database GO, KEGG, Reactome e simili
  • Overview di strumenti web disponibili per l’arricchimento di ontologie

Dove
Online, da casa propria. Necessaria connessione internet stabile.

Lingua
Italiano (English if requested)

Durata
webinar introduttivo di 1 ora
+ preparazione autonoma online (max 4 ore durante settimana successiva al webinar)
+ corso intensivo di 12 ore suddivise su 2 sabati consecutivi

Un corso Revelo-Infobiology