Gene Sets & Pathway Enrichment

Functional Genomics Analyses

Corso intensivo sull'arricchimento funzionale dei dati di tecniche omiche (Functional Genomics, Pathways analysis)

Data indicativa del corso: prima metà di Luglio 2020. La data precisa verrà indicata al più presto.

COSTO E REQUISITI

Non è richiesta alcuna conoscenza pregressa di R o di programmazione. Sono necessari una postazione computer aggiornata, una connessione internet stabile e l’accesso (gratuito) alla piattaforma di comunicazione Zoom.

Costo del corso: 290,00 euro (IVA inclusa)

Prerequisiti e costo

Tramite carta di credito:
(gateway Stripe), carte accettate VISA, MasterCard, AmEx.

Tramite bonifico bancario:

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HAI BISOGNO DI INFORMAZIONI dal vivo?​

Prima di ogni corso attiviamo delle “ore di ricevimento” (call remote gestite da Whereby.com) in date e orari stabiliti in cui il docente è disponibile per parlare con voi e chiarire eventuali dubbi sul contenuto del corso. Per entrare nella call-room non dovete scaricare alcun software, vi basta cliccare su questo link durante la data/orario qui sotto, e verrete trasferiti nell’anticamera virtuale in attesa di essere ammessi (dovete permettere al browser di usare videocamera e microfono del vostro computer).

Il prossimo ricevimento sarà: MARTEDI’ 26 Maggio dalle 18:00 alle 19:00

Due sabati intensivi per imparare i principali metodi e strumenti per analizzare il contesto biologico delle genes/proteins signatures ottenute da esperimenti omici. Tratteremo sia dal punto di vista teorico sia pratico le tecniche di arricchimento delle ontologie (GO, gene ontology), Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), Pathway Impact analysis.

Cosa imparerai

  • Teoria dell’arricchimento: ORA (over representation analyses) e FCS (functional class scoring). Cenni di PT (pathway topology) e IMPACT analyses (cross-talk tra pathways).
  • Arricchimenti funzionali con GO: come estrarre informazioni biologicamente rilevanti da una lista di geni usando i database GO (Gene Ontology) di Molecular Function (MF), Biological Processes (BP) e Cellular Components (CC).
  • GSEA: gene set enrichment analysis per la contestualizzazione quantitativa (comprensiva dei valori e dei pesi dati dall’espressione genica dei singoli geni) delle genes signatures e per la genesi di nuove ipotesi di lavoro
  • Plotting: metodi avanzati di visualizzazione per la comunicazione dei risultati di analisi e per la produzione di publish-grade pictures
  • Overview di pacchetti R: carrellata (e utilizzo di alcuni) pacchetti R per l’analisi con i database GO, KEGG, Reactome e simili
  • Overview di strumenti web disponibili per l’arricchimento di ontologie

Dove
Online, da casa propria. Necessaria connessione internet stabile.

Lingua
Italiano (English if requested)

Durata
webinar introduttivo di 1 ora
+ preparazione autonoma online (max 4 ore durante settimana successiva al webinar)
+ corso intensivo di 12 ore suddivise su 2 sabati consecutivi

Un corso Revelo-Infobiology