Il corso RNAseq espone i concetti principali del sequenziamento di seconda generazione (NGS) applicato allo studio dell’espressione genica (mRNA e RNA diversi). Vengono descritte le fasi principali che caratterizzano una tipica analisi di RNA sequencing: primaria, secondaria e terziaria.
Il corso pone in evidenza cosa può essere affrontato da un biologo e come questo può confrontarsi con un bioinformatico sopratutto per quelle fasi (analisi primaria) caratterizzate da elevate competenze informatiche e dalla necessità di accedere ad un cluster di calcolo.
Il corso erogato in modalità “coding”, prevede l’insegnamento dell’analisi secondaria (espressione genica e espressione differenziale) mediante l’uso dei pacchetti Bioconductor con particolare riferimento al diffuso protocollo di DESeq2.