Questo corso introduce l’impostazione degli esperimenti e l’analisi dei risultati di single-cell RNA sequencing con particolare riferimento alle guidelines di 10X Genomics. Il corso affronta questioni di disegno sperimentale, i requisiti di tipo infrastrutturale (server di calcolo), i formati dei file e anatomia degli esperimenti con 10x Genomics.
Vengono esposti i cenni principali di analisi primaria (mappatura) e come interfacciarsi correttamente con chi la esegue e ne produce i risultati. Infine si analizza la struttura dell’output delle analisi primarie per affrontare le analisi di espressione mediante il Loupe Browser.
Durante il corso si affrontano inoltre gli argomenti di riduzione della dimensionalità e l’interpretazione e i pericoli dei grafici di varietà geometriche (tSNE, UMAP) utilizzati nelle analisi di scRNAseq.